Amplikon Dizileme ve Analiz
Amplikon Dizileme, Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi kullanılarak genomun belirli hedef gen bölgelerinin (örneğin 16S rRNA, ITS, 18S veya spesifik kanser/genetik panelleri) PCR primerleri ile çoğaltılarak yüksek derinlikte incelenmesini sağlayan hedefe yönelik (targeted) bir analiz yöntemidir. Bütün genom veya ekzom dizilemeye kıyasla, ilgilenilen spesifik DNA/RNA dizilerine odaklanarak yüksek hassasiyet, ultra yüksek dizileme derinliği ve maliyet etkin çözümler sunar.
Temel Özellikler ve Avantajlar
- Ultra Yüksek Okuma Derinliği: Dar ve belirli hedeflere odaklanıldığı için dizileme derinliği 1.000x - 10.000x+ seviyelerine ulaştırılabilir. Bu sayede popülasyon içindeki %1'in altındaki nadir mutasyonlar ve düşük bolluktaki mikroorganizmalar bile tespit edilir.
- Maliyet ve Zaman Etkinliği: Tüm genomu dizilemek yerine sadece hedeflenen bölge çoğaltıldığı için dizileme ve biyoinformatik analiz süreçleri çok daha hızlı ve ekonomik gerçekleşir.
- Karmaşık Örneklerde Yüksek Hassasiyet: Çevre, klinik veya gıda gibi yoğun arka plan DNA'sı içeren örneklerde bile doğrudan hedef gen bölgesine odaklanarak net sonuç verir.
- Modüler Panel Tasarımı: İhtiyaca göre 16S/ITS gibi taksonomik panellerin yanı sıra özel kanser, taşıyıcılık veya patojen panelleri kolayca kurgulanabilir.
Amplikon Dizileme ve Shotgun Metagenomik Karşılaştırması
| Özellik | Amplikon Dizileme (Targeted) | Shotgun Metagenomik |
| Hedef Bölge | Spesifik gen bölgeleri (16S, ITS, Panel) | Örnekteki tüm DNA (Rastgele parçalama) |
| Dizileme Derinliği | Ultra Yüksek (1.000x – 10.000x+) | Standart / Yüksek (Kapsam geniş) |
| Taksonomik Çözünürlük | Cins (Genus) ve Tür seviyesi | Tür ve Suş (Strain) seviyesi |
| Fonksiyonel Gen Analizi | Sınırlı (Biyoistatistiksel tahminleme) | Doğrudan tüm metabolik gen haritası |
| Maliyet / Veri Yükü | Ekonomik ve düşük veri boyutu | Daha yüksek maliyet ve büyük veri yükü |
Kullanım ve Uygulama Alanları
- Mikrobiyom ve Mikrobiyota Taramaları: Bakteriyel profilleme için 16S rRNA, mantar popülasyonları için ITS / 18S rRNA dizileme ile bağırsak, cilt, toprak ve su mikrobiyotası analizi.
- Hedefe Yönelik Kanser Panelleri: Tümör dokularında veya likit biyopsilerde bilinen onkogenlerdeki (EGFR, KRAS, BRAF vb.) sıcak nokta (hotspot) mutasyonlarının ultra hassas tespiti.
- Patojen Tespiti ve Sürveyans: Viral veya bakteriyel salgınlarda spesifik etkenlerin hızlı tespiti ve tiplendirilmesi.
- Gıda Güvenliği ve Orijinallik Doğrulaması: Gıdalarda tür doğrulama, hile (tağşiş) tespiti ve mikrobiyolojik kontaminasyon kaynaklarının belirlenmesi.
Nucleus Genetics Farkı: Optimize edilmiş NGS kütüphane hazırlama protokolleri ve özelleştirilmiş biyoinformatik boru hatlarımızla (QIIME2, DADA2), ham verilerinizi eksiksiz taksonomik ve varyant raporlarına dönüştürüyoruz.
Bu Hizmet Hakkında Bilgi Alın
Uzman ekibimiz sorularınızı yanıtlamak ve size özel çözümler sunmak için hazır.
İletişim Formu →